O ministro Cristiano Zanin, do STF (Supremo Tribunal Federal), determinou que o horário de votação do segundo turno seja prorrogado até as 19 horas em todo o país. A decisão, anunciada já no final da tarde, quando as seções já estavam sendo fechadas, atendeu a um pedido feito pela campanha do presidente e candidato à reeleição Luiz Inácio Lula da Silva, do PT, sob a alegação de que o transporte público estava operando com restrições em algumas regiões do país e, assim, dificultando o comparecimento de eleitores aos locais de votação.
Um pedido semelhante feito ao TSE (Tribunal Superior Eleitoral) ainda durante a tarde não foi despachado em tempo hábil. Até pouco antes das 18 horas, não havia saído qualquer decisão da corte eleitoral. O presidente do tribunal, Kassio Nunes Marques, só agiu no final da tarde, quando solicitou informações sobre o assunto. Além do pedido do comitê petista, a campanha de Flávio Bolsonaro, candidato do PL, também pediu a prorrogação da votação, mas sob outro argumento: as dificuldades impostas pelas chuvas e temporais a eleitores, especialmente na região Sul do país.
A decisão de Zanin gerou dúvidas em seções eleitorais do país afora. Muitas delas já haviam encerrado os trabalhos. Mesários alegam que não foram comunicados oficialmente. Em outros casos, mesmo sabendo do despacho, os encarregados de coordenar os locais de votação alegavam que as urnas são encerradas no horário previsto inicialmente para o fechamento (17 horas, no horário de Brasília) e que não é possível reabri-las. Diante da situação, o TSE pausou a totalização dos votos do segundo turno.
Logo após a decisão de Zanin, todos os ministros do TSE se reuniram a portas fechadas com Kassio Nunes Marques para tratar do impasse. Depois disso, o TSE divulgou uma manifestação em que diz que várias urnas já estavam fechadas, com os respectivos boletins já em processo de transmissão. Zanin, por sua vez, esclareceu em um novo despacho que, diante da informação sobre o fechamento das urnas às 17 horas, sua decisão deveria ser cumprida naqueles locais onde as seções seguiam abertas.
